Projects

Telomeres are nucleoprotein complexes forming chromosome ends. Besides their role in solving the end-replication problem, they protect chrom. ends from recognition as DNA damage sites. Surprisingly, DNA damage signaling and repair factors reside at telomeres. Not only they do not threaten tel. functions, but are actively recruited to telomeres and their absence results in tel. malfunction. Enigma of mutually beneficial coexistence of telomeres and repair factors was found in yeasts, mammals and flowering plants with model-specific differences. We will analyse the problem in algae and moss. While algae are attractive by evolutionary diverse tel. composition and maintenance, moss Physcomitrella is unique by high efficiency of homol. recombination, availability or easy preparation of knock-out mutants and high proportion of apical dividing (presumably telomerase-positive) cells in early protonema development. Elucidation of the interplay between telomeres and DNA repair in simple eukaryotic systems provides a chance to discover principles valid (but hidden) in models explored so far.
The aim is to describe structure, functions and evolution of telomeres in lower plants (selected algae taxons and moss Physcomitrella patens) and to elucidate connection between telomere function and DNA repair processes. ISB is involved in the investigation of the evolutionary divergence of telomere structures and maintenance mechanisms in algae. Specific objectives include: (1) Characterization of telomere structure and telomere maitenance mechanism(s) in chlamydomonadalean Caudivolvoxa clade,and (2) Dynamics of DNA repair in green algae .

Main coordinator of the whole project: Prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (Masarykova univerzita Brno)
 

Program: Jihočeské Univerzitní a Akademické Centrum  Transferu Technologií v Českých Budějovicích (JCTT), Operační program Výzkum a vývoj pro inovace prioritní osa 3, oblasti podpory 3.1 - Komercializace výsledků výzkumných organizací a ochrana jejich duševního vlastnictví
 

Anotace: Navrhujeme výrobu nového testu - RIDA®COUNT Paenibacillus larvae s živným médiem a chromogenem vhodným pro detekci původce moru včelího plodu - Paenibacillus larvae. Výroba standardizovaných a levných detekčních karet a jednotná metodika jejich použití a vyhodnocení umožní plošný monitoring patogenu a tím pomůže identifikovat oblasti, v nichž mor včelího plodu persistuje a odkud se šíří. Metodika vyšetření bude použitelná i v ostatních zemích, kde se používá konvenční způsob ošetřování včelstev.

Garant projektu: Prof. František Sehnal (BC AV ČR, v. v. i. Č. Budějovice)
Spoluřešitelé: Mgr. Štěpán Ryba, PhD., Ing. Aleš Křenek, Dr. Janez Mulec, PhD., Daniel Štipl

Cílem projektu je zhodnotit diverzitu půdního mikrobiálního společenstva v rozličných ekosystémech ovlivněných lidskou činností (intenzivní zemědělství související s organickým hnojením a vysušováním, odledňování související s oteplováním klimatu) pomocí 454 pyroskevenování. Budou vyvinuty a standardizovány pracovní postupy pro amplikonové i shotgunové sekvenování, tak jako i bioinformatické nástroje zpracování a anotace sekvencí, ve spolupráci se zahraničními partnery. Našimi hlavními cíli budou a) vyvinout metodu extrakce RNA pro půdy a hluboké vrstvy půd a také pro hnojené půdy a provádět metatraskriptomové studie aktivních mikrobiálních společenstev in situ nebo v půdních mikrokosmech, dále b) vyvinout nástroje pro sekvenování a anotaci plazmidů získaných z půd. Naše úsilí bude věnováno také do podpory a povzbuzení k využívání metagenomiky a metatraskriptomiky výzkumnými pracovníky a studenty v našich laboratořích a vyvíjet udržitelnou spolupráci v této oblasti výzkumu.
Na řešení projektu se podílí řešitelský tým: M. Kyselková, M. Devetter, A. Lukešová, D. Elhottová, M. Šimek, P. Havlíčková, P. Beníšková

The present project is designed to improve research on soil nitrogen and carbon cycling, aiming in general to develop, test, and justify robust and simplified analytical protocols for determination of greenhouse gas emissions, namely nitrous oxide emissions, and if applicable, methane and carbon dioxide emissions, under conditions of low-tech agricultural management. The overall aim of the project is thus seen in a better understanding of soil microbial processes producing important greenhouse gases; an improved knowledge on regulatory mechanisms of these processes will be used in a better control of emissions from agricultural soils. In the proposed project, existing field experiments (established by CRP participants), will be used for field measurements and sampling. The experimental plots will be carefully selected to obtain a set of soil and environmental conditions and covering major types of fertilizer and management. Fluxes of gases of interest will be determined using the static chambers of different size and construction. Gas samples will be sampled in the experimental fields and sent to the applicant’s laboratory. Here they will be analyzed for N2O (and CH4 and CO2 if applicable) content on gas chromatographs equipped with the TCD, ECD and FID. Specific objectives of the project include: (i) Development of sampling and analytical protocol(s) for nitrous oxide (and methane and carbon dioxide) flux determinations; simple and robust enough to be performed in low-tech and low-input agro-ecosystems. (ii) Testing the protocols using gas samples from well-defined conditions; further improvement and justification of the protocols if necessary. (iii) Analyses of 650 gas samples sent to the laboratory (sampled in field conditions). (iv) Data and results evaluation, preparation of final report.